La Universidad, basada en los procesos internos de calidad con los que fue fundada, se dio a la tarea de buscar la acreditación de parte de la Federación de Instituciones Mexicanas Particulares de Educación Superior (FIMPES). Inició el autoestudio en enero de 2006. Se crearon comités de evaluación interna en los que participaron alrededor de 60 miembros de la comunidad universitaria, desde miembros de la Junta de Gobierno, hasta personal de intendencia, pasando por Rectoría, Vicerrectorías, Direcciones de Escuela y Área, profesores, alumnos, administrativos y egresados. El 25 de abril de 2008 la FIMPES dio la Acreditación Lisa y Llana a la Universidad.
En este proceso de acreditación, la institución se autoevaluó y posteriormente recibió la visita de siete académicos de otras instituciones ya acreditadas para verificar que los procesos de evaluación se realizaron con el rigor necesario, de forma tal que propiciaran los procesos de mejora.